サイトに対する大量のスキャン行為でサーバーが高負荷になり500エラーが発生することがあります。
.htaccessでアクセス元のIPアドレスをブロックすれば緩和できますが、アクセス元のIPアドレスは頻繁に変化するので、手動での対応は難しいです。
spamhaus等のIPアドレスブラックリストを自動適用できるようにならないでしょうか。