現状、さくらのサブドメインの移行のためには一度解約し、
素早く他のサービスから再取得をするという手順を踏む必要があるかと思いますが、
100%安全なサーバー移動が不可能という点でかなり用途が狭まっています。

スタートアップとして安くシンプルにさくらのサブドメインで立てるまではともかく、
軌道に乗ったあとに下手なリスクを冒すぐらいならドメインを取ってサービスごと移管させるほうを選びます。

加えて言えば、明確にサーバーリソースの配分が見えていて規模がそれなりな場合、大手クラウドベンダ（私はGCPで立てることが多いです）のほうが何かと利便性が高く、金銭的にも安く済みます。

せめて上位（および、さくらのレンタルサーバーからさくらのVPNなど）への移行ができるなら、サービスの規模や特性を鑑みて残すという選択肢が出てきそうなので非常に惜しいです。

ほんの僅かな期間、例えばさくらのサブドメイン削除から6時間は同一のさくらインターネット会員IDのみ取得可能といった機能拡張を入れて頂くことは出来ないのでしょうか？

同系統の「手頃な価格でサブドメインを立てる」サービスは大手クラウドベンダのどこもやっておらず、可能性を感じるのでぜひ伸ばして頂きたいです。
個人的には、無料のおまけサービスだけでなく、有料の強化サービスという形でも使う可能性が高いです。